陆安和二张带兵开入镇江府，安抚百姓，布置防御，消除兵乱，张贴告示。
与此同时，赤武营和舟山军的后勤体系也开始高效运转。
陈士铎带着军医队快速介入战场，在完成对赤武营的初步料理后，便带人支援舟山军，协助其照料伤员，而后勤辅兵也开始打扫战场，俘获看守俘虏。
另一方面，诚意伯刘孔昭和汪大海带着重舟水师一路追击清军水师，一直追杀过了仪真以西十余里。
最终成功击沉清军战船数十艘、俘获战船上百艘，击杀清军水师官兵上千，彻底将清军长江流域的水师力量捣毁，只剩下数十艘残存船只得以脱逃返回南京。
而江南江西总督马国柱，这位清廷顶级封疆大吏已被俘虏当场验证了其尸体，是被一个步兵百总阵斩于督标营将旗下。
亲兵证实了在明军逼近之时，马国柱无奈准备逃跑，但却被明军火铳击中胯下马匹，导致本人和许多亲卫被掀落马，未能及时逃离被扑杀。
马国柱担任的江南江西总督，是清廷正二品地方最高军政长官，加兵部尚书兼都察院右都御史衔后为从一品，属清廷九大封疆大臣之一，是此时清廷在江南地区的最高统治者 。
而江南提督管效忠、江宁昂邦章京瓜尔佳巴山两人，最终也仅仅带着数百残部突围而出，往南京逃了。
此战，陆安麾下赤武营伤亡不大，约莫不过一成半，但舟山军伤亡过半，已是没了继续作战的能力。