风卷起，四处飞舞；紧接着，暴雨倾盆而下，昆水因暴雨而迅速暴涨。正在涉水逃命的新军将士，被湍急的河水冲走，一万余人葬身河中，昆水为之断流。王邑见大势已去，只得率领少数亲信将领，在乱军之中拼死突围，狼狈逃往洛阳。
昆阳决战以汉军的彻底胜利告终。新朝号称“百万之师”的主力在此战中全军覆没，这不仅是新莽政权由盛转衰的转折点，更让天下人看到了新莽政权的虚弱。战后，三辅（今陕西省中部地区）震动，各地反莽势力纷纷崛起，新莽政权的统治土崩瓦解。
同年九月，绿林军在更始帝的命令下，兵分两路进攻长安。新莽政权此时已无兵可派，长安城内的守军迅速溃败。绿林军攻入长安城内，王莽带着少数亲信逃入渐台（今陕西省西安市未央宫遗址内），最终在混战中被一名商人斩杀。至此，存在仅十五年的新莽政权正式覆灭，而刘秀则凭借着昆阳决战中的卓越功勋，逐渐在更始政权中崭露头角，为日后建立东汉王朝埋下了伏笔。