很多人没有控制，彻底杀红了眼。
三天后，等他们抢的高高兴兴之时，却又疲惫不堪时，洪承畴派清兵进去肃清。
又用了一天时间，把城中所有农民军全部肃清。
京都之战非常混乱，前期联军四万大战幕府十一万，大胜之后，联军余下两万多，却在城中接连反戈，对抗。
洪承畴又驱使清兵攻日军。
最后平定全城后，天草四郎两万兵马全军覆没，洪承畴差不多只有一万人，且满清精锐余下不到两千。
数天之后，有六千日本兵马缓缓出现在京者城外。
洪承畴、祖大寿赶紧去迎接。
来的是田川昱皇，带着平户藩，松浦隆信和他田川家的两部兵马。
他们与洪承畴兵马汇聚集，休整一天，继续往北，追击幕府退兵，逼使江户幕府同意谈判。
此时德川幕府正组织兵马后退，转移，根本不能组织有效的对抗。
双方接着又在伊吹山和池田町又打了两次，各有死伤，幕府被逼不停的后退。
十月中旬，德川幕府决定谈判，缓减压力。
十月下旬，经过谈判，双方约定，把日本一分为二，北边的是德川幕府，南边是松浦幕府。
以京都附近的瑟琶湖为界，瑟琶湖以东为德川幕府地盘，瑟琶湖以西为松浦幕府地方。
双方约定，五年内，不得攻战，休养生息。
双方能最终决定和谈，是因为大伙都不想打下去了。
德川家光是抓紧机会调整，重组兵马，休生养息，为将来反击准备。
而松浦这边是因为兵力还是少很多，祖大寿的主力已经打的只余下七千人不到。
松浦最强的战力越来越少，也很疲惫。
所以他需要时间，慢慢消化天草四郎留下的地盘和人口，壮大自己。
十一月，丁毅的儿子松浦信长在平户成立松浦幕府，自称为征夷大将军，并向江户的天\皇，递了臣表。
从此，日本进入从没有过的南北对抗局面。